为控制新一波新冠病毒疫情，日本政府4月9日宣布，从12日起东京、京都和冲绳需执行“防止蔓延等重点措施”，餐厅和酒吧将需要配合缩短营业时间，上述地区再次强制民众佩戴口罩。 就在全球主要经济体慢慢通过大规模疫苗接种逐渐控制住新冠病毒疫情的同时，日本新增感染人数却在过去一周内再度攀升，从4月7日到10日，全国新增感染病例连续超过3000人，在10日达到3692人。其中西部最大城市大阪为疫情较严重区域，4月10日单日新增达到新高918人，其中546人感染途径不明。即将在7月举办奥运的东京也达到570人。
如今，距离东京奥运会只有不到4个月，但是日本疫情不仅尚未获得完全控制，甚至出现新一波疫情高峰。东京4月第一周平均感染人数为427人，比3月最后一周增加14.7%，急于控制疫情的日本东京都知事小池百合子因此紧急请求中央政府实施特别措施法。 根据日本厚生省数据，至4月9日为止，日本核酸检测人数为978万0921人，完成疫苗接种或部分接种人数为159万2517人。4月10日傍晚确诊感染人数为50万4757人。 日本医疗治理研究所理事长和执业医师上昌广对《财经》记者指出，日本目前在防疫中面临最大的问题是未能有效应对变异病毒。
2021年初，日本国内已发现分别在英国和南非检测出的B.1.1.7和B.1.351变异病毒，接下来又发现在巴西检测到的名为P.1的变异病毒。至3月底，已有多达5种变异新冠病毒在日本国内传播。上昌广解释称，有效应对方法意味着在既有抗疫方法之外加强筛检和疫苗接种，但是目前成效不彰。 日本在3月中旬放松紧急状态措施导致感染人数再次攀升，但是疫苗接种速度过慢也被认为是疫情反扑原因。筑波大学教授仓桥节3月底公布的感染模型甚至显示，以目前的接种速度，东京到5月还有可能迎来第四波疫情高峰；在没有接种疫苗情况下，每日新增感染案例将达1850例。在为老年人接种疫苗的前提下，每日新增案例仍将达到1650例。
根据Our world In data针对全球主要国家的疫苗接种数字统计，到3月底为止，日本每100人中只接种了0.46剂疫苗；相较之下，韩国是1.32、印度尼西亚是2.69、美国是35.38。日本社会偏低的疫苗接种意愿和对疫苗的信心是造成日本严重落后于其他主要国家的原因。医学杂志《柳叶刀》的调查显示，只有五分之一左右的日本人对疫苗安全性有高度信心。 日本在过去数十年间发生过多次疫苗副作用事件，让日本民众对疫苗缺乏信心，也让日本政府更为谨慎。
针对新冠肺炎疫苗，日本政府要求药企提供更多的本土试验和临床数据，导致外国疫苗取得许可的时间晚于其他国家，疫苗接种开始后注射器又不能完美匹配，多方原因造成日本疫苗接种的整体速度大幅落后于其他主要经济体。
面对批评，负责整合日本疫苗政策的行政改革大臣河野太郎辩护指出，“我觉得日本政府是向民众展示，政府用尽了所有方法证明疫苗的有效性和安全性，以此鼓励民众接种是（比速度）更重要的。……所以尽管我们开始得晚，但最后这将是更有效的做法。”河野太郎表示，到6月底为止，日本应能获得1亿剂次疫苗，可用于5000万人接种。这一数字约占日本总人口的39.7%。
疫苗接种因何缓慢
意识到疫苗将是控制疫情的关键，日本政府2020年与三大疫苗生产商签署了3.15亿剂疫苗采购合约，包括辉瑞的1.44亿剂、阿斯利康的1.2亿剂和Moderna的5000万剂。其中阿斯利康的9000万剂疫苗需要以转移技术的方式在日本国内生产，保证日本本土供应。
考虑到日本民众对疫苗缺乏信心，日本政府要求三家生产商都需要提供在日本进行人体试验的数据。辉瑞在2020年10月邀请160名25岁-80岁的日本人进行临床试验，在2021年1月收集完成数据后，向日本政府申请正式许可，成为日本第一支被批准上市的疫苗。阿斯利康则在2020年夏天征集了256名自愿参与试验的日本人，进度稍落后于辉瑞，在2月初向日本政府申请正式许可。Moderna则在3月初由日本合作药企代为提出申请。
坚持在日本本土临床试验的要求让日本在疫苗接种比赛一开始就处于落后状态。日本政府直到2月14日才正式批准辉瑞的疫苗，其他两家药企的疫苗批准时间则尚不明朗。 不过，阿斯利康与日本药企合作的疫苗在3月22日左右已经开始投入生产，同时在4月初宣布第一批阿斯利康疫苗将从美国引进，目前只等政府核准。相较之下，很多欧洲国家在去年12月就开始疫苗接种，英国在12月14日大规模接种疫苗，至少3700万名英国民众已经完成接种或部分接种；美国政府也在今年加速接种疫苗，已经接种人数超过1亿1400万人。
疫苗接种起步之后，特殊注射器的短缺也造成日本国内的慌乱。在即将开打辉瑞疫苗时，日本才发现，辉瑞疫苗需要特殊无死角注射器，才能有效抽出每瓶内装的6剂疫苗。由于一般注射器只能抽取5剂或更少，直接导致疫苗的浪费，政府被迫紧急研究解决方案，最后厚生省3月初批准使用平时用于注射胰岛素的注射器，以及设备公司泰尔茂（Terumo Corp.）紧急研发出能抽取7剂的注射器才解决了这一危机。
受疫苗数量限制，日本自开始接种疫苗后也提出优先顺序，先为医护人员、老年人和虚弱人群接种，最后在春末或夏天对所有国民开放，开始大规模接种。截至3月25日，超过89万日本医护人员已完成至少一剂的接种；从4月12日开始，将针对3600万名老年人开始接种，届时将考验日本民众对疫苗的信心。
历史上数次疫苗后遗症事件让日本社会对疫苗的信心远低于其他国家。1970年两名婴儿在接受了百日咳综合疫苗后先后在24小时内身亡；接着1989年开始对1岁-6岁儿童接种的三合一麻腮风疫苗被怀疑容易引发脑膜炎等其他后遗症，后来研究证明这种三合一疫苗中的腮腺炎疫苗成分是引发后遗症的主要原因，最后日本政府修改原本建议儿童接种的政策。但是因为政府对三合一疫苗的消极态度，日本在2012年-2014年间反而出现1万7050例德国麻疹。
日本政府畏首畏尾的做法引发科学界质疑。科学界指出，三合一疫苗可能引发后遗症的机率是0.05%，而不接种疫苗暴露感染的风险显然高于后遗症的机率。早稻田大学科学传播教授田中干人就批评道，政府的做法意味着感染是每个人自己应该承担的风险，这让民众忘记接种疫苗其实是为了大众的利益。政府对疫苗一被批评就退缩的态度，于2013年在HPV疫苗的接种上再度重演。日本自2010年开始对13岁-16岁年轻女性接种疫苗，一开始接种踊跃，2012年接种率达70%，但是2013年春天，媒体大幅报道疫苗可能引发头疼后遗症之后，政府在未仔细评估下于6月停止建议民众接种疫苗，疫苗接种率一路下滑到目前低于1%。当时因为HPV疫苗引发后遗症的年轻女性纷纷成为积极的反疫苗运动者，她们在社交平台上发声并组织活动，反复强调疫苗可能带来的风险。
为找出让民众信任疫苗的解决方案，以宫地隆司为首的数名日本医疗治理研究所专家2020年在《柳叶刀》发表文章指出，民众不愿接种疫苗主要来自对安全的忧虑，国民对政府的信赖度越低，接种疫苗的意愿也越低。“让民众克服对疫苗恐惧的方法或者是重建民众对政府、国会和医疗人员的信任，透明化疫苗相关政策。” 上昌广也对《财经》记者强调，让日本民众信任疫苗将是一件十分困难的挑战，经历过第二次世界大战的老年人并不相信政府，“重建信任将需要时间。”
强行举办奥运会
由于各种限制，依目前日本接种疫苗的进度，专家普遍认为，日本1亿2600万人在7月举行奥运会时将无法达到群体免疫。 为了举办东京奥运会，日本预估可能最终要花费154亿美元，考虑到已经投入的成本，日本政府最终不会放弃举办奥运会。2020 东京奥运会主席森喜朗2月2日宣布，“无论疫情如何，已经被延迟的奥运会都会在今年夏天举行。”随后3月20日国际奥组委宣布，尽管奥运如常举行，但考虑到疫情将不接待国外观众，已经购票的海外观众将能申请退票。
日本政府选择如期举办奥运会的决定让民众感到不满。由于近来疫情升温，3月25日起在日本全国开始的奥运圣火传递活动，就在大阪市政府要求下避开了大阪。 在东京附近执业的医生仓持仁对媒体指出，日本政府到现在都没有打倒病毒，也不了解整个医疗系统承受的压力，日本根本不具备举办奥运会的条件。NHK电视台在1月进行的调查显示，80%的日本民众认为奥运会应推迟或取消，舆论批评政府把政治和经济考虑放在国民健康之前。上昌广指出，奥运会举行与否受到影响最大的是运动员，日本当然可以找出将传染可能性压到最低的方法，但是他自己也和其他大众一样对奥运会“持负面态度”。
日本政策研究大学院大学（National Graduate Institute For Policy Studies）政治学者竹中治坚分析指出，防疫不当反映的是日本国家抗疫体系的系统性失败，其中中央政府和地方政府无法同步抗疫是一大问题，例如去年东京疫情恶化时，知事小池百合子希望更严格限制餐厅和居酒屋的营业时间，但是时任首相安倍晋三到4月7日才宣布进入紧急状态。2021年以来首相菅义伟和小池百合子在对东京都的防疫措施上也数度出现分歧。因为疫情无法得到有效控制，菅义伟的支持度也一路从上任时的70%下滑到40%。
竹中治坚强调，日本在进行过几次政府改革之后，“首相在领导国家对抗像新冠肺炎疫情这样的危机时，仍然显示出各级政府权责分配的问题，这应该成为下次改革的目标。” 一位日本学者对《财经》记者指出，由于这届国会将在10月21日届满，疫苗接种的速度将影响执政党自民党在国会改选的表现，照目前这样下去，到年底也打不完（疫苗），“所以他们也很着急。” 根据计划，日本政府从4月12日起开始给老年人接种疫苗，同时通过播放电视广告宣传。不过，河野太郎对媒体强调，为避免社会上出现对未接种者的歧视，政府正在研究政策，避免公共场所、餐厅等拒绝接待未接种疫苗的民众。
