日本首相安倍晋三拟于4月7日晚宣布东京、千叶、埼玉、神奈川、大阪、兵库和福冈七个都府县从8日零时起进入紧急状态，为期一个月。但是与欧洲多国宣布国家紧急状态的同时采取封锁和限流措施不同，日本的紧急状态并不意味着对城市进行封锁。
据日本媒体报道，进入“紧急事态”的地区，都道府县知事能够临时开设医疗设施；强制使用所需的土地和建筑物；要求所有者出售医药品、口罩和食品，并在特别有必要的时候进行征用；要求居民主动避免不必要非紧急的外出；要求或指示停止使用学校、福利设施、电影院和博物馆等；要求或指示限制举办音乐、体育活动等。
安倍在4月6日的记者会上特别强调：“我们不会像欧洲一些国家那样实施封城。”这意味着上述地区轻轨地铁、公交等公共交通不会停驶、商业中心不会关门，日本也不会出动警力封锁道路。
东京都知事小池百合子也在4月6日夜间召开记者会称，一般餐饮店、酒店、公共浴场、金融机构等只要采取适当的防疫措施仍然可以继续营业。
不同于其他政府和社会，出现各种突发意外和紧急事件时，日本社会要求每个人应该“自肃”（自我约束），但是政府并没有限制国民行动的权力。
自展开防疫政策以来，安倍政府一直担心政府贸然采取紧急防疫措施是否会违宪或破坏人权的问题，因而在2月推动国会就是否应修宪进行辩论，不过所有政党都反对将此问题抬高到修宪层级。
随后，安倍政府转而推动2012年出台的《新型流感等对策特别措施》修法工作。该法案最后在3月10日送到国会，国会在3天后批准，赋予安倍政府在疫情严重的时候宣布国家进入紧急状态、要求国民不能外出的权力。
日本医疗管理研究所理事长上昌广对《财经》记者指出，日本国民因为第二次世界大战中太平洋战争的痛苦回忆，对封城非常排斥，他个人也不赞成这样的防疫举措，从实用性而言封城是为了避免大都市里因为人口密度高引起的感染。目前从日本现有的确诊病例看来，问题并不在这里。
根据新通过的法律，最可能的封城做法和决策将是交由地方首长自行决定，避免国家权力让民众觉得过于强大。
在宣布推迟东京奥运会的举办日期后，日本的新冠肺炎确诊数字开始加速上升。截至4月6日，日本本土确诊病例为4092例，其中东京1116例、大阪428例，排在地方政府前两位。
但这并不代表日本的疫情失控。根据日本厚生劳动省“感染源应对组”的数据分析，导致日本确诊病例上升的两大感染源来自：医疗机构和福利院、餐厅和夜生活场所。
4月2日厚生省的统计显示，截至3月底，日本全国14个都道府县出现26起集体感染事件，而且主要发生在医疗机构和福利院，其中以东京永寿医院为中心造成的集体感染就达128例。
感染源应对小组分析显示，永寿医院的感染源可能来自1月18日的一场新年聚会，参会者感染后进入永寿医院治疗，再加上另一位自法国返回日本的患者，扩大传染给医护人员。之后，在永寿感染的患者又转院到庆应大学附属医院和国立癌症中心医院，疫情进一步蔓延到这两个医疗机构。
另一个形成大规模感染的是千叶县的残障人士福利机构“北总育成园”。千叶县政府在该机构一名厨房工作人员确诊后进行排查，没想到已经有至少57人感染。
让应对小组感到讶异的是九州岛的大分县医疗中心，该中心集体感染达24例，而主要传播源是应对小组调查许久才发现的医护休息室。
上昌广指出，就是因为政府对筛检的高门槛导致大部分医院无法及时进行筛检，目前东京的确诊病例中20%都是住院的病患。“控制医院感染是目前防疫最主要的重点。”他对《财经》记者说。
除了医疗机构，另一个集体感染源是娱乐场所。3月15日，感染源应对小组就发现大阪4个现场表演场所2月中的演出造成了80多人感染；3月11日在名古屋的健身中心也造成至少36人感染。
尽管日本政府呼吁民众停止夜生活，下班后就回家，但是年轻人并未严肃看待传染病的危险，不少专家认为改变年轻人态度将是降低传播的重要因素。4月初，东京新宿歌舞伎町暴发集体感染，数十名女性工作人员和顾客陆续确诊；东京4月5日单日确诊数增加143例，东京总确诊数超过1000例。
政府近来试着通过网络和其它方式再三呼吁年轻人配合防疫。
为了准备接下来的疫情，日本政府正加紧增加床位，应对快速增加的确诊患者。日本原本传染病总床位数为2600个，安倍表示将把病床数增加到12000个，并将确保提供3000个呼吸机。
不过，日本政府也将希望放在富士胶片公司2014年投资研发的流感药法匹拉韦（Avigan或Favipiravir）。该药因为3月被中国科技部推荐为诊疗用药后，富士公司的化学部门也于4月开始临床实验，同时在日本政府的要求下加速生产，政府希望储备能治疗200万人的份量。
再三呼吁年轻人避免外出配合防疫的东京都知事小池百合子4月6日强调，国民的行为将决定疫情能不能被控制。
